La première chapelle de l'église est dédiée à Saint Clair (mort en 660) dont le culte s'est répandu en remontant la vallée du Rhône. Dans l'église une petite statue polychrome le représente. Sans doute originaire de Vienne dans le Dauphiné, il fut abbé du monastère de Saint Marcel. On lui attribue de nombreux miracles de son vivant comme après sa mort. Fête le 1er janvier. Une messe dédiée à Saint Clair a été célébrée le 2 janvier jusque dans les années 60.

A partir du VIIème siècle la paroisse dépend de l'abbaye de l'île Barbe et est dédiée à Saint Nizier. Une bulle du Pape Luce III en 1183 au père Abbé, cite « L'église de Saint Nizier sur le Mont d’Or ». La paroisse s’étend jusqu’au Vernay. Les habitants du Vernay sont dispensés de messe quant la Saône est en crue. L'église va s’agrandir en plusieurs étapes à mesure que la population augmente jusqu’à devenir trop petite et trop excentrée. Décision est alors prise de construire l’église actuelle terminée en 1852. La « vieille église » abandonnée tombe en ruine et le toit s’effondre en 1919 laissant la nef à ciel ouvert.
En 1935 un mur et un toit en tôles ondulées ferment le chœur où la messe est célébrée deux fois par an, le 2 janvier et le 15 août. 1971 voit la remise en état de l’église. Les travaux sous la direction de M. Cohendet architecte, sont conduit dans l'esprit du XIIème siècle, d'où le plafond polychrome. Les couleurs ont été choisies par le peintre Jean Couty.
Depuis l'église est utilisée pour le culte, quelques dimanches dans l’année en mai, juin, 15 août et septembre. Elle est très appréciée pour les mariages et pour son acoustique. De nombreux concerts de qualité en témoignent.